Teadus- ja arendusasutuste sihtfinantseerimine toimub teadusteemade alusel vastavalt haridus- ja teadusministri määrusele (04.09.2010).

Sihtfinantseerimist on õigus taotleda teadus- ja arendusasutusel, mis on evalveeritud ja kantud teadus- ja arendusasutuste registrisse. Teema sihtfinantseerimise jätkamise aluseks on Teaduskompetentsi Nõukogu hinnang tehtud töö tulemustele. Uue teema sihtfinantseerimise otstarbekuse hindamisel arvestab Teaduskompetentsi Nõukogu taotlevas teadus- ja arendusasutuses selle teema täitmiseks loodud eeldusi ning teema aktuaalsust. Teadus- ja arendusasutuste teadusteemad kuuluvad hindamisele igal aastal.

Sihtfinantseeritavate teadusteemade alusel finantseeritakse teadusasutuste uurimisrühmi. Alates 2001. aastast on sihtfinantseerimise üheks liigiks ka teaduse tippkeskuste finantseerimine. 

Teadus- ja arendusasutuste teadusteemade sihtfinantseerimise tingimused ja kord